Роком заснування загальноосвітньої школи №6 вважається 1926-й. Тоді розпочала працювати восьмирічна залізнична (транспортна) школа №41. Навчання у ній велося українською мовою. В 1936 році старе приміщення було зруйновано і на його місці побудовано нову Шепетівську транспортну середню школу №41. Першим директором цієї школи став Повар Микола Іванович. У 1937 році був перший випуск у школі. З 1938 року директором школи стає Моляко Олексій Корнилович.
Роки 1941-45. Їх по праву називають роками, обпаленими війною.
Із покоління учнів перших післявоєнних років, загартованого воєнним дитинством і голодною юністю, вийшли член Спілки письменників Радяського Союзу, член спілки журналістів України, автор 14 книг – Олександр Володимирович Ковальчук, Сергій Петрович Швець – автор документальної повісті «Юность опаленная войной»
У 1991 році за ініціативою випускників школи 1941 року на подвір’ї було встановлено пам’ятний знак на честь загиблих випускників школи.
Під час Другої світової війни будівля школи була дуже зруйнована. Але вже восени 1944 року школа відкрила свої двері учням. Директором школи стає Вадим Семенович Нелін.
Пізніше поруч з українською було збудовано восьмирічну російську школу №70. Отже, після війни стало дві школи: залізнична (транспортна) середня школа №48 і залізнична російська восьмирічна школа №70. В 1960 році школи стали називатися середніми загальноосвітніми школами №9 і №10. Директором СШ №9 став Баталін Іван Сергійович, а директором №10 Нагорний Микола Микитович.
Випускник школи 1959 року Оніщук Анатолій Афанасійович стає учасником літніх олімпійських ігор у Мехіко 1968 року з кульової стрільби.
У 1968 році серед перших шкіл, які організували шкільні лісництва була на той час Шепетівська середня школа №9.
З 2015 року у ЗОШ №6 відбулось відновлення діяльності шкільного лісництва – “Юні лісівники”.
Об’єднання шкіл в один український навчальний заклад відбулося у 1978 році і відтоді він почав іменуватися Середньою школою №6. Директором школи став Гучев Микола Михайлович, який перебував на цій посаді до 1985 року. Саме в цей час заклалися найкращі традиції школи, які мали вплив на формування в майбутньому закладу нового типу.
Класи школи були переповнені дитячими голосами, адже тут було по чотири паралелі і навчання велося в дві зміни. Навчалося 1200 учнів.
Серед випускників тих поколінь заслужена оперна співачка Валентина Іванівна Коровченко.
З 1985 року школою керувала Сенькова Валентина Пилипівна. Рівень успішності учнів нашої школи був найкращим у місті. Про досягнення учнів школи писала газета «Шляхом жовтня».
У 1991 році навчальний заклад очолила Марецька Світлана Павлівна, яка перебувала на цій посаді 16 років. Вона примножує все позитивне, зроблене її попередниками щодо вдосконалення навчально-виховного процесу, матеріального забезпечення закладу.
У 1993 році Середню школу №6 було перейменовано у загальноосвітню школу І-ІІІ ступенів №6.
Відомим випускником школи цього періоду став Христюк Дмитро – чемпіон світу з бойового самбо.
З 2007 року по 2013 рік навчальним закладом керувала Собчук Наталія Миколаївна.
У тісній співдружності педагогічного, учнівського, батьківського колективів, спонсорів реалізуовувалися творчі проекти, цікаві задуми.
Осучаснено шкільні приміщення, навчальні кабінети, які стали комфортними для навчання ти виховання учнівської молоді.
Учні закладу отримують гарні результати з усіх напрямків на міському, обласному, Всеукраїнському рівнях. Команда КВК ЮІР та агітбригада «НОНСТОП» три роки поспіль виборювала першість у зональних змаганнях та двічі була учасником Всеукраїнських змагань в Міжнародному дитячому центрі «Артек».
Успішно реалізовано ряд проектів: «Шкільна атрибутика», «Ранкова зарядка», «Шкільна газета», «Шкільний сайт», науково-популярний методичний вісник «Педагогічна трибуна».
На жаль не обійшло нашу школи лихо АТО. Двоє наших колишніх випускників: Тимошишин Олександр і Біленький Андрій віддали своє життя за цілісність держави.
З 2013 року заклад очолила Щур Наталя Миколаївна.
Сучасний школі є чим пишатися: три роки поспіль вчителі нашого закладу є призерами Всеукраїнського та обласних етапів конкурсу «Учитель року», «Класний керівник року». Маємо 200 балів з ЗНО з англійської мови (Яцишиа Ольга), 196 балів з української мови (Молодецька Марія). Учні закладу є призерами обласних олімпіад і захисту конкурсу МАН, учасниками Всеукраїнських конференцій, конкурсів.
У 2015 році за ініціативою Н.М.Щур у школі започатковано клас Козацтва.
Ми переконані, що саме наша школа – сучасний навчальний заклад, у якому кожна оцінка або досягнення є результатом наполегливої співпраці педагогів, учнів та батьків.
